Program Files（x86）とは？
Program Files（x86）は、その名前の通りプログラムファイルをインストールするフォルダとなっています。場所は「C:\Program Files (x86)」です。ちなみに、x86は何を示しているのかと言いますと「32bit」を示す単語となっています。
Program Files（x86）とProgram Filesの違いは？
これらのフォルダの違いは何なのかと言いますと、ソフトウェアのビット数によるものです。WindowsのOSに32bit版と64bit版があるのと同様に、ソフトウェアも32bitのものと64bitのものがあります。64bit版のWindowsOSを使用しているとこれらの2つのProgram Filesが用意され、32bitのソフトウェアは「Program Files（x86）」に、64bitのソフトウェアは「Program Files」にインストールされるようになっています。ちなみに、32bit版WindowsOSではそもそも32bitのソフトウェアしか動作させることができないのでフォルダ分けは行われず「Program Files」のみになります。
なぜフォルダが分けて作成されるのかというのも、ビット数の違いによるものです。現在では64bitのCPU・OSが主流になってきていますが、以前は32bit環境が主流だったのでOSやソフトウェアも32bit環境で動作するように作られていました。しかし現在では64bit環境なので、32bitのソフトウェアはエミュレートを行うことで動作させているのです。そのため、32bitのソフトウェアは「Program Files（x86）」フォルダに・64bitのソフトウェアは「Program Files」フォルダに分けてインストールされるのです。
ソフトウェアのインストール時に、デフォルトで「Program Files（x86）」が選ばれるのであれば32bit・「Program Files」の場合は64bitのソフトウェアですので、インストール先を同じにしようとしないように注意しましょう。